تحقیقات بالینی با استفاده از محصولات سلول های بنیادی در طب ترمیمی به طیف گسترده ای از شرایط با استفاده از انواع مختلف سلول های بنیادی می پردازد. تا به امروز، گزارش های کمی از مسئله ایمنی پیوندهای اتولوگ یا آلوژن وجود داشته است. بسیاری از سلول های تزریق شده با اثر تروفیک برروی پاسخ های ایمنی یا التهابی به مدت چند روز حضور گذرا داشته اند. سلول های بنیادی لیمبال به عنوان محصولی برای سوختگی چشم در اروپا ثبت شده است و سلول های بنیادی مزانشیمی جهت بیماری پیوند علیه میزبان کودکان در کانادا و نیوزلند تأیید شده اند. بسیاری از کاربردهای دیگر به صورت کارآزمایی، برخی با منافع زودتر برای بیماران، درحال پیشرفت هستند.