نشانگر اپی ژنتیک برای تعیین پیری همانند سازی سلول های کشت شده
سلول های سوماتیک به طورمداوم در طول کشت و تکثیر طولانی مدت تغییر یافته ،با افزایش اندازه سلول، کاهش پتانسیل تمایز و درنهایت توقف چرخه سلولی به دنبال پیری پاسخ می دهند. این تغییرات ارتباط  ویژه ای با سلول درمانی که مستلزم محصولات استاندارد و کنترل کیفیت مطمئن هستند، دارد. به تازگی نشان داده شده است که پیری همانندسازی با تغییرات بسیار تکراری اپی ژنتیک مرتبط است. در اینجا، ما یک روش ساده را برای پیگیری وضعیت پیری در سلولهای استرومایی مزانشیمی (MSC) و یا فیبروبلاست ها با نظارت مستمر برتغییرات متیلاسیون (DNA  (DNAm در جایگاههای خاص ژنوم توصیف می کنیم. شش جایگاه CpG که هیپرمتیلاسیون و یا هیپومتیلاسیون خطی را با توجه به تعداد مضاعف شدگی تجمعی جمعیت (cPDs) نشان می دهند، شناسایی شده اند. درمقابل، سطح DNAm  دراین جایگاههای CpG به عنوان مثال، با تعیین توالی DNA تغییر یافته با بی سولفیت قابل تجزیه و تحلیل بوده و سپس برای مدل های رگرسیون خطی برای پیش بینی cPDs مورد استفاده قرار می گیرند. روش ما یک نشانگر اپی ژنتیک را برای تعیین وضعیت پیری درسلول ارائه می کند.

Methods Mol Biol. 2013;1048:309-21. doi: 10.1007/978-1-62703-556-9_20.

Epigenetic biomarker to determine replicative senescence of cultured cells.

Koch CM, Wagner W.

Source

Stem Cell Biology and Cellular Engineering, Helmholtz-Institute for Biomedical Engineering; RWTH Aachen University Medical School, Aachen, Germany.

Abstract

Somatic cells change continuously during culture expansion-long-term culture evokes increasing cell size, declining differentiation potential, and ultimate cell cycle arrest upon senescence. These changes are of particular relevance for cellular therapy which necessitates standardized products and reliable quality control. Recently, replicative senescence has been shown to be associated with highly reproducible epigenetic modifications. Here, we describe a simple method to track the state of senescence in mesenchymal stromal cells (MSCs) or fibroblasts by monitoring continuous DNA methylation (DNAm) changes at specific sites in the genome. Six CpG sites have been identified which reveal either linear hypermethylation or hypomethylation with respect to the number of cumulative population doublings (cPDs). Conversely, the DNAm level at these CpG sites can be analyzed-for example, by pyrosequencing of bisulfite-converted DNA-and then used for linear regression models to predict cPDs. Our method provides an epigenetic biomarker to determine the state of senescence in cell preparations.

PMID: 23929112