به گزارش بنیان ، سه چهارم دی‌ان‌ای در موجودات تکامل یافته درون پروتئین پوشش یافته‌اند که واحد پایه بسته‌بندی دی‌ان‌ای موسوم به نوکلئوزوم‌ها را شکل می‌دهند. اکنون دکتر آرمان فتحی‌زاده، فیزیکدان دانشگاه صنعتی شریف و همکارانش توانسته‌اند مدلی را برای نمایش چگونگی حرکت پروتئینها در کنار دی‌ان‌ای طراحی کنند.

 

تاکنون دانشمندان درک درستی از سازوکار چگونگی رمزگشایی برای خوانش کد ژنتیکی درون دی‌ان‌ای نداشتند. بررسی دینامیک نوکلئوزوم‌ها در طول مدت زمان معقول با استفاده از شبیه سازی‌های مولکولی دینامیک به دلیل پیچیدگی بیش از حد آنها امکان‌پذیر نبود.

 

در عوض، فتحی‌زاده و همکارانش یک مدل پایه رایانه‌ای از نوکلئوزوم‌ها را ساختند که در آن دی‌ان‌ای با یک توالی از بلوک‌های سخت به نمایندگی از جفتهای باز توصیف شده است. این مدل با معرفی مناطق پیوند منعطف دی‌ان‌ای به هسته پروتئین یک نمایش فیزیکی‌تر از این سیستم را ارائه کرده است.

 

این مدل همچنین امکان شناسایی سازوکار کشویی نوکلئوزوم‌ها را در امتداد دی‌ان‌ای فراهم کرده است.

 

ایده اصلی این است که یک ایراد کوچک به شکل فقدان جفت باز یا میزان اضافه آن به بخش دی‌ان‌ای که در اطراف یک نوکلئوزوم پیچیده شده، وارد شود. این ایراد سپس می‌تواند در دی‌ان‌ای پوشیده شده منتشر شده و پس از خروج از انتهای دیگر بخش پوشیده شده، نوکلئوزوم با طول اضافی یا گم شده حرکت می‌کند که ایراد همراه آن است.

 

این مدل ایده یک کد دوم ژنتیکی را که در سال 2006 مطرح شده بود، حمایت می‌کند. این ایده ممکن است شامل یک کد مکانیکی نوشته شده در توالی جفت باز باشد که با کد ژنتیکی قدیمی تسهیم شده است.

 

به گزارش ایسنا، از دیگر همکاران فتحی‌زاده در این پژوهش دکتر محمدرضا اجتهادی، عضو هیات علمی دانشکده فیزیک دانشگاه صنعتی شریف بوده است.

 

این پژوهش در شماره ماه مارس مجله(EPJE (The European Physical Journal E منتشر شده و طرح روی جلد مجله را نیز به خود اختصاص داده است.

 

پایان مطلب/