یادداشت
شکستن راز سیفلیس
توالی یابی ژنوم باکتری، اسرار انتقال آن را فاش میکند.
امتیاز:
به گزارش پایگاه اصلاع رسانی بنیان، سیفلیس (syphilis) یک بیماری مقاربتی است که از طریق ارتباط جنسی با فرد آلوده یا تماس با زخم سفلیس منتقل میشود. سیفلیس ممکن است تا مدت طولانی در بدن فرد باقی بماند و علائم آن آشکار نشود. مشخص شدن بیماری با زخمهایی روی ناحیهی تناسلی و در موارد شدیدتر در نواحی دیگر بدن است. عامل این بیماری باکتری به نام تریپونما پالیدوم(Treponema pallidum) است. ترپونما پالیدوم اسپیروکتی (مارپیچی شکل) است که عامل بیماری سیفلیس است. این بیماری فقط در میان انسانها منتقل میشود. ترپونما پالیدوم معمولاً ۶/۱۵ میکرومتر طول و ۱ تا ۲ میکرومتر عرض دارد. ترپونماها دارای سیتوپلاسم و غشای خارجی هستند. ترپونما پالیدومها بیماریهای مختلفی را ایجاد میکنند که مهمترین و معروفترین آنها سیفلیس است. اخیراً یک مطالعه که در بخش میکروب نشریه Lancet چاپ شده، از توالی یابی کل ژنوم برای به دست آوردن بینش اپیدمیولوژیک در مورد انتقال سیفلیس استفاده کرده است.
پیش زمینه
سیفلیس یک عفونت مقاربتی (STI) است که با دارو قابل درمان است. STIها عفونتهای باکتریایی هستند که توسط زیرگونه ترپونما پالیدوم پالیدوم ایجاد میشوند. از آغاز قرن بیست و یکم، تعداد موارد سیفلیس به ویژه در کشورهای با درآمد بالا افزایش یافته است. در واقع، موارد جدید سیفلیس از 3011 در سال 2012 به 8011 در سال 2019 در انگلیس افزایش یافت. این افزایش با مردان دوجنسگرا، همجنسگرا و سایر مردانی که با مردان رابطه جنسی دارند (GBMSM) درگیر رفتارهای جنسی پرخطر بوده است. افزایش سیفلیس در مردان و زنان دگرجنسگرا نیز ثبت شده است که نشاندهنده احتمال انتقال عمودی باعث ایجاد سیفلیس مادرزادی میشود. ( انتقال عمودی (Vertical transmission) یا انتقال مادر به فرزند (mother-to-child transmission)، انتقال عفونت یا بیماریهای دیگر از والدین به فرزند است. هنگامی که بیماری از والدین به فرزند منتقل شود، خطرناکتر خواهد بود چرا که میزان تکثیر اندامههای میزبان فرزندان کاهش خواهد یافت. بیماریهایی مانند کلامیدیا تراکوماتیس، اچآیوی، ویروس تی-لنفوتروپیک انسانی و سیفیلیس میتوانند به شکل انتقال عمودی به فرزند منتقل شوند.) بین سالهای 2015 تا 2020، حدود 24 مورد سیفلیس مادرزادی در انگلستان شناسایی شده است. در برخی از مناطق انگلستان، افزایش موارد سیفلیس در میان زنان و GBMSM ثبت شد، بنابراین یک شبکه جنسی همپوشانی به عنوان علت اساسی برای انتشار گستردهتر نشان میدهد. نظارت اپیدمیولوژیک اطلاعات ناکافی در مورد پویایی انتقال سیفلیس ارائه کرده است. به عنوان مثال، تجزیه و تحلیل موارد خوشهای مکانی-زمانی نشان دهنده یک شیوع و زنجیره انتقال است. با این حال، این شیوع همچنین میتواند از شبکههای انتقال نامرتبط سرچشمه گرفته باشد. تکنیکهای مولکولی به تعیین سویههای T. pallidum مرتبط با ژنتیک کمک میکند. با این حال، این روش نمیتواند بهطور دقیق خوشههای سویهای را تعریف کند که میتواند زمانبندی مهم اپیدمیولوژیک را نشان دهد. استفاده از توالی یابی کل ژنوم (WGS) حضور جهانی دو دودمان T. pallidum در گردش را نشان داده است، از جمله Nichols و SS14. این دودمانها به هفده زیر شاخه فرعی و تک شاخه تقسیم شدهاند.
درباره مطالعه
مطالعه حاضر از WGS برای درک پویایی انتقال سیفلیس در سطوح ملی و منطقهای استفاده کرد. نمونههای DNA ژنومی T. pallidum مثبت از آژانس امنیت بهداشت بریتانیا (UKHSA)، لندن و پنج آزمایشگاهی که آزمایشهای تشخیصی مولکولی T. pallidum را انجام میدهند، به دست آمد. تمام دادههای مربوطه از مجموعه دادههای فعالیت کلینیک پزشکی تناسلی (GUMCAD) بازیابی شد. آنالیز فیلوژنومیک نمونههای ژنومی انجام شد. دودمان محلی نمونههای T. pallidum همراه با خوشههای انتقال آنها بر اساس مکان یا جهت گیری جنسی شناسایی شدند. علاوه بر این، توزیع و فراوانی آللهای اعطا کننده مقاومت به آنتی بیوتیکهای ماکرولید در میان ردههای فرعی T. pallidum مورد بررسی قرار گرفت.
نتایج مطالعه
مطالعه حاضر ابردادههای مکانی-زمانی، جمعیتشناختی و رفتاری بیماران سیفلیسی را با ژنوم T. pallidum که قبلاً از بیماران مبتلا به سیفلیس بین سالهای 2012 و 2018 در انگلستان ایجاد شده بود، مرتبط کرد. در مجموع 497 نمونه بین 1 ژانویه 2012 و 31 اکتبر 2018 شناسایی شد که برای WGS مناسب در نظر گرفته شد. از این نمونهها، ژنوم کامل 240 نمونه بازیابی شد که 220 نمونه در نهایت برای تجزیه و تحلیل در نظر گرفته شد. حدود 90 درصد نمونهها از مردان، 4 درصد از زنان و بقیه از جنسیت نامشخص بودند. بیشترین نمونهها از لندن و پس از آن جنوب شرقی انگلستان، شمال شرق انگلستان و جنوب غرب انگلستان بودند. علاوه بر این، حدود 76 درصد از ژنومها از GBMSM بودند که 40 درصد از آنها در لندن زندگی میکردند و ویروس نقص ایمنی انسانی (HIV) مثبت بودند. زیرشاخههای مختلف انگلیسی شناسایی شدند. با این حال، زیرشاخههای جهانی یک و 14 گروههای غالب بودند. اگرچه هر دو گروه به ماکرولیدها مقاوم هستند، اما پروفایلهای اجتماعی-دموگرافیک و فضایی-زمانی بیمار متفاوتی را نشان میدهند. زیرشاخه یک با تنوع بیشتری از گرایش جنسی، وضعیت HIV، جنسیت و سن مرتبط است، در حالی که زیرشاخه 14 عمدتاً به GBMSM مسنتر مرتبط است. یکی دیگر از تفاوتهای جمعیت شناختی بین هر دو گروه این است که زیر شاخه یک در تمام مناطق انگلستان شناسایی شده است، در حالی که زیر شاخه 14 عمدتاً در لندن و نه مناطق شمالی انگلستان شناسایی شده است، بنابراین نشان میدهد که هر دو زیرشاخه نشان دهنده شبکههای انتقال جنسی متمایز هستند. از آنجایی که هر دو زیرشاخه یک و 14 شامل بیماران با و بدون HIV است، وضعیت HIV به طور قابل توجهی با انتقال سیفلیس ارتباط ندارد. در سه مورد، شبکهها یا خوشههای انتقال دگرجنسگرایانه گسسته شناسایی شدند. با این حال، در بیشتر موارد، خوشههای ژنتیکی مرتبط با GBMSM نشاندهنده تنوع مکانی و زمانی است. تفاوتها در تنوع فضایی-زمانی نشاندهنده رفتار متفاوت جستوجوی شریک جنسی بین GBMSM و افراد دگرجنسگرا است. یک خوشه مخلوط با ژنومهای هسته یکسان پیدا شد که بیشتر آنها توسط GBMSM نشان داده شدند. شناسایی خوشههای مجزا امکان حل زنجیرههای انتقال محلی برای T. pallidum را بر اساس دادههای اپیدمیولوژیک دقیق نشان داد.
در نهایت
مطالعه حاضر دارای محدودیتهایی از جمله حجم نمونه کوچک در مقایسه با تعداد کل موارد سیفلیس در طول دوره مطالعه است. احتمال حضور بیش از حد نمونههای GBMSM در پایگاه داده ژنوم ملی وجود دارد. با وجود این محدودیتها، یافتههای مطالعه نشاندهنده اثربخشی WGS در شناسایی خوشههای انتقال برای پیگیری اپیدمیولوژیک است. این یافته برای تجزیه و تحلیل شیوع احتمالی و تدوین مداخلات موثر برای محافظت از افراد در برابر سیفلیس بسیار ارزشمند است.
پایان مطلب./